अंतर्राष्ट्रीय ऊर्जा एजेंसी (आईईए) के अनुसार, ईंधन सेल के उत्पादन कल के लिए नहीं है। वहाँ अभी भी दो प्रमुख समस्याएं हैं।
सबसे पहले इसकी लागत। उत्पादित होने वाली ऊर्जा पर इस प्रकार की ऊर्जा का उत्पादन करने के लिए लगभग $ 20 प्रति किलोवाट ऊर्जा का उत्पादन करना होगा, उस मूल्य को 000 से विभाजित करना होगा। दूसरी चिंताएँ पारिस्थितिकी। यदि हम मानते हैं कि ईंधन सेल केवल पानी का उत्पादन करता है, तो हाइड्रोजन का उत्पादन महंगा है और विशेष रूप से प्रदूषणकारी है क्योंकि इसके निर्माण के लिए उपयोग की जाने वाली ऊर्जा का मुख्य स्रोत दुनिया के अधिकांश हिस्सों में है। मामला, कोयला। इन सभी समस्याओं को कम करने के लिए, यह जरूरी है कि सरकारें ग्रीनहाउस गैसों के खिलाफ लड़ाई के संदर्भ में एक गंभीर और दीर्घकालिक कार्यक्रम शुरू करें।